PEWARNAAN 
4.1.1. PEWARNAAN NEGATIF
·         Tujuan     :    Untuk mengamati morfologi organisme yang sukar diwarnai oleh pewarna sederhana
·         Metode ini bukan untuk mewarnai bakteri, tetapi untuk mewarnai latar belakangnya menjadi hitam gelap.
·         Metode ini meliputi pencampuran M.O. didalam setetes tinta India (Nigrosin) lalu menyebarkannya diatas sebuah kaca obyek.
·         M.O tampak transparan & tampak jelas diantara medan yang gelap.
·         Tidak mengalami pemanasan
 
PEWARNAAN SEDERHANA
Tujuan     :    Mempelajari kegunaan pewarnaan untuk mempertinggi kontras antara sel dan kelilingnya dan mengamati ciri-ciri tertentu mikrobe
·         Sel-sel M.O. yang tidak diwarnai umumnya tampak hampir tembus pandang bila diamati dengan mikroskop cahaya.
·         Pewarna yang digunakan adalah satu jenis warna.
·         Kebanyakan bakteri mudah bereaksi dengan pewarna sederhana karena sitoplasma basofilik (suka akan basa)
·         Pewarnaan  sederhana ini memungkinkan dibedakannya bakteri dengan bermacam-macam  tipe mofrologi (kokus, basilus, vibrio, spirilum)
 
PEWARNAAN GRAM
·         Tujuan     :    Melakukan  prosedur pewarnaan gram, memahami pentingnya setiap langkah dalam  prosedur, memahami reaksi kimiawi didalam prosedur tersebut.
PEWARNAAN INI MERUPAKAN SALAH SATU YANG DIGUNAKAN UNTUK KLASIFIKASI BAKTERI
·         Organisme  yang dapat menahan kompleks pewarna primer ungu kristal iodium sampai  pada akhir prosedur (sel-sel tampak biru gelap/ungu) à disebut Gram Positif.
·         Organisme  yang kehilangan komplek warna ungu pada waktu pembilasan alkohol namun  kemudian terwarnai dengan pewarna tandingan safranin sel-sel tampak  merah muda à gram negatif.
 
KUANTIFIKASI MIKROBA
1.  Hitungan mikroskopis langsung, menggunakan alat hemasitometer 
2.  Hitungan cawan (plate count)
3.  Pengukuran massa sel (turbidimetrik)
 
B. 
GUNA PEMIARAAN (KULTUR) BAKTERI
 
Untuk  menggampangkan pemeriksaan perlulah diadakan pemiaraan atau biakan  bakteri, sehingga sewaktu-waktu perlu, bakteri itu selalu tersedia.  Piaraan dapat disimpan di dalam almari es untuk waktu yang lama.
1.  PIARAAN CAMPURAN, PIARAAN MURNI
Supaya  kita mendapatkan satu spesies saja dalam satu piaraan, maka perlulah  diadakan suatu piaraan murni (pure culture). Piaraan murni dapat  diperoleh dari piaraan campuran (mixed culture) dengan cara sebagai  berikut.
Kalau  kita pertama kali mengadakan piaraan, biasanya yang kita peroleh itu  suatu piaraan campuran. Misal, kita ambil bahan (sampel) dari udara,  dari tanah, dari kotoran; kalau bahan itu kita sebarkan pada medium  steril, akan tumbuhlah beraneka koloni yang masing-masing mempunyi  sifat-sifat yang khas. Jika kita mengambil bahan dari salah satu koloni  tersebut, kemudian bahan itu kita tanam pada medium baru yang steril,  maka bahan itu akan tumbuh menjadi koloni yang murni, asalkan pekerjaan  pemindahan itu dilakukan dengan cermat menurut teknik aseptik,  yaitu menggunakan alat-alat yang steril dan aturan-aturan laboratorium  tertentu. Piaraan yang kita peroleh dengan jalan demikian kita sebut  piaraan pertama (primary culture), dan sifatnya murni. Piaraan semacam  ini dapat disimpan, tetapi tiap-tiap waktu tertentu harus diadakan  peremajaan dengan memindahkannya ke medium baru. Piaraan-piaraan yang diperoleh dari piaraan pertama disebut piaraan turunan (sub-culture).
Tiap-tiap  laboratorium perlu menyimpan beberapa jenis piaraan murni.  Negara-negara yang sudah maju mesti mempunyai koleksi pelbagai piaraan  murni; piaraan simpanan itu disebut juga “stock culture”.
Ada  piaraan species bakteri yang sewaktu-waktu, yaitu tiap 2 atau 3 bulan  sekali, perlu diremajakan, meskipun piaraan itu selalu disimpan di dalam  almari es. Untuk meremajakan piaraan itu caranya sama dengan yang telah  diceritakan di atas yaitu dengan memindahkan “bibit” dari koloni yang  lama kepada medium yang baru. Setelah tanaman baru itu dibiarkan tumbuh  beberapa jam dalam temperatur biasa (25o – 27o C), koloni baru ini dimasukkan dalam almari es, untuk diperbaharui 2 atau 3 bulan lagi.
Cara lain untuk menyimpan piaraan murni ialah dengan jalan liofilisasi yang prosedurnya sebagai berikut. Bakteri  ditanam didalam air susu yang tidak mengandung lemak atau di dalam  serum yang steril. Setelah tumbuh, diambillah 0,1 ml dari medium  tersebut untuk dimasukkan ke dalam botol-botol kecil (ampul) yang dari  dalam telah dilapisi dengan alkohol yang mengandung CO2 yang kental (temperatur -78oC).  Kemudian leher botol itu dipijarkan sehingga tertutuplah botol berisi  bakteri itu. Dalam keadaan demikian ini bakteri dapat disimpan sampai  bertahun-tahun, asal selalu ada dalam 4oC.
 
2.  DASAR MAKANAN (MEDIUM ATAU SUBSTRAT)
Berupa  apakah makanan bakteri itu? Dasar makanan yang paling baik bagi  pemiaraan bakteri ialah medium yang mengandung zat-zat organik seperti  rebusan daging, sayur-sayuran, sisa-sisa makanan, atau ramuan-ramuan  yang dibuat oleh manusia. Medium yang banyak digunakan dalam pekerjaan  rutin di laboratorium ialah kaldu cair dan kaldu agar. Medium ini tersusun daripada:
Kaldu bubuk                                      3 g
Pepton                                            5 g
Air suling                                     1000 g
Jika  diperlukan medium padat, maka kepadanya ditambahkan 15 g agar-agar.  Medium ini disebut medium baku. Untuk keperluan penelitian yang  berhubungan dengan serologi perlu ditambahkan 5 g NaCl.
Jika  tidak ada kaldu bubuk, bahan itu dapat diganti dengan rebusan daging  yang diperoleh sebagai berikut: Ambil barang 0,5 kg daging yang tidak  berlemak, rendam dalam 1.000 ml air suling semalam-malaman dalam almari  es. Paginya buanglah lemak yang mungkin terdapat mengapung di permukaan  air. Kemudian peraslah suspensi lewat kain mori yang halus. Tambahkan  air suling kepada filtrat sehingga volume menjadi 1 liter lagi. Kepada  medium ini ditambahkan 5 g pepton dan lain-lainnya yang diperlukan, lalu  panasi suspensi sampai 100oC selama 20 menit. Akhirnya  tuangkanlah suspensi lewat kertas saring, dan tambahkan air suling lagi  sehingga volume tetap 1 liter. Medium ini perlu disterilkan dahulu  sebelum digunakan untuk memiara bakteri. Juga keasaman medium perlu  diatur, biasanya pH 7.
Untuk  mengetahui jenis-jenis medium yang lain, yang berkepentingan  dipersilakan membaca buku-buku praktikum mikrobiologi atau bakteriologi.
Selanjutnya medium buatan manusia itu dapat berupa:
A.  MEDIUM CAIR
Medium  cair yang dipakai ialah kaldu yang disiapkan sebagai berikut. Kepada 1  liter air murni ditambahkan 3 g kaldu daging lembu dan 5 g pepton.  Pepton ialah protein yang terdapat pada daging, pada air susu, pada  kedelai, dan pada putih telur. Pepton mengandung banyak N2,  sedang kaldu berisi garam-garam mineral dan lain-lainnya lagi. Medium  itu kemudian ditentukan pHnya 6,8 sampai 7, jadi sedikit asam atau  netral; keadaan yang demikian ini sesuai bagi kebanyakan bakteri. Kaldu  seperti tersebut di atas masih perlu disaring untuk kemudian dimasukkan  ke dalam tabung-tabung reaksi atau botol-botol. Penyaringan dapat  dilakukan dengan kertas saring. Setelah tabung atau botol berisi medium  kaldu tersebut disumbat dengan kapas, dapatlah mereka dimasukkan ke  dalam alat pensteril (autoklaf).
 
B.  MEDIUM KENTAL (PADAT)
Dahulu  kala orang lazim menggunakan kentang yang di potong-potong serupa  silinder untuk medium. Silinder kentang mentah dibuat dengan pipa besi,  lalu potongan-potongan itu dimasukkan ke dalam tabung reaksi. Kemudian  tabung disumbat dengan kapas, dan setelah itu disterilkan di dalam  autoklaf. Setelah kentang dingin kembali, permukaan atas dari silinder  kentang dapat ditanami bakteri.
          Suatu  penemuan yang baik sekali ialah medium dari kaldu yang dicampur dengan  sedikit agar-agar. Setelah medium itu disterilisasikan, dan kemudian  dibiarkan mendingin, maka kita perolehlah medium padat. Gelatin dapat  juga dipakai sebagai bahan pengental – dan memang dahulu orang biasa  memakainya – tetapi sejak lama orang lebih suka menggunakan agar-agar.  Agar-agar baru mencair pada suhu 95oC, sedangkan gelatin sudah mencair pada suhu 23o  C. Dengan demikian medium yang mengandung gelatin perlu disimpan dalam  tempat yang lebih dingin daripada temperatur kamar, jika dikehendaki  medium tersebut tetap dalam keadaan padat.
          Agar-agar  ialah sekedar zat pengentai, dan bukan zat makanan bagi bakteri.  Gelatin sebaliknya dapat diencerkan oleh enzim-enzim bakteri. Gelatin  diperoleh dari rebusan tulang-tulang, jadi gelatin itu zat serupa  perekat.
 
C.  MEDIUM YANG DIPERKAYA
Kebanyakan bakteri suka tumbuh pada dasar makanan seperti disebut di atas. Tetapi bakteri patogen seperti Brucella abortus, Mycobacterium tuberculosis, Diplococus pneumoniae, dan Neisseria gonnorhoeae  memerlukan zat makanan tambahan berupa serum atau darah yang tak  mengandung fibrinogen lagi. Fibrinogen adalah zat yang menyebabkan darah  menjadi kental, apabila keluar di luka. Serum atau darah itu  dicampurkan ke dalam medium yang sudah disterilkan. Jika pencampuran ini  dilakukan sebelum sterilisasi, maka serum atau darah tersebut akan  mengental akibat pemanasan. Pada medium buatan Loeffler, serum  dicampurkan di dalam dasar makanan sebelum sterilisasi. Medium ini baik  sekali untuk memiara basil-basil dipteri. Juga medium yang memerlukan  tambahan putih telur dibuat dengan cara demikian. Sering kali orang  menambahkan susu atau air tomat kepada dasar makanan untuk menumbuhkan Lactobacillus dan beberapa spesies lainnya.
 
D.  MEDIUM YANG KERING
Pekerjaan  laboratorium sekarang ini banyak dipermudah dengan telah adanya  bermacam-macam medium yang tersedia dalam bentuk serbuk kering. Untuk  menyiapkan medium tersebut, cukuplah orang mengambil sekian gram serbuk  kering tersebut untuk dilarutkan dalam sekian gram serbuk kering  tersebut untuk dilarutkan dalam sekian liter air dan kemudian larutan  itu disterilkan. Penentuan pH tidak perlu lagi, karena hal itu sudah  dilakukan lebih dulu pada pembuatan serbuk. Periksalah “Difco Manual of dehydrated culture media and reagents for microbiological and clinical laboratory procedures”.
 
E.   MEDIUM YANG SINTETIK
Medium sintetik berupa ramuan-ramuan  zat anorganik yang tertentu yang mengandung zat karbon dan nitrogen.  Bakteri autotrof dapat hidup dalam medium ini. Bakteri saprofit (istilah  lain untuk ini ialah saprobakteri) dapat juga dipiara di dalam  medium ini asalkan kepada medium ini ditambahkan natrium sitrat dan  natrium amonium fosfat; yang pertama merupakan sumber karbon, sedang  yang kedua merupakan sumber nitrogen. Medium ini buatan Koser, dan medium ini berguna untuk membedakan Aerobacter aerogenes dari Escherichia coli;  yang pertama dapat hidup dalam medium ini, sedang yang kedua tidak.  Medium yang hanya cocok untuk spesies-spesies tertentu, dan tidak cocok  untuk spesies-spesies yang lain, itu disebut medium selektif.
          Medium  sintetik itu umumnya dibuat secara eksperimental. Medium ini tidak  menimbulkan zat-zat penolak, apabila masuk tubuh hewan atau manusia.  Selanjutnya medium sintetik itu berguna sekali sebagai medium dasar  dalam penyelidikan macam-macam vitamin, asam amino dan lain-lain.  Penyelidikan macam-macam vitamin, asam amino dan lain-lain. Penyelidikan  tentang ada tidaknya zat-zat tertentu dengan menggunakan mikroorganisme  itu disebut analisis zat jadi atau bio-assay.
 
3.  STERILISASI MEDIUM DAN ALAT-ALAT
Kita  semua dapat memaklumi, andaikata medium dan alat-alat yang kita  pergunakan dalam inokulasi itu tidak steril, niscayalah kita tidak akan  mungkin memperoleh piaraan bakteri yang kita inginkan. Maka  langkah-langkah pertama yang harus kita ambil sebelum kita mengadakan  inokulasi ialah mengusahakan sterilnya medium serta alat-alat  perlengkapannya. Lagi pula, kita harus menguasai teknik inokulasi.
BEBERAPA CARA UNTUK MENSTERILKAN MEDIUM
a.  Dalam  aba 18 orang mensterilkan medium cukup dengan mendidihkan medium  tersebut selama beberapa jam. Dengan jalan ini maka matilah semua benih  kehidupan. Cara yang demikian ini dilakukan oleh Spailanzani (1729 –  1799) untuk membuktikan tidak mungkinnya abiogenesis.
b.  Tyndallisasi.  Metode ini berupa mendidihkan medium dengan uap untuk beberapa menit  saja. Sehabis didiamkan satu hari – selama itu spora-spora sempat tumbuh  menjadi bakteri vegetatif – maka medium tersebut dididihkan lagi selama  beberapa menit. Akhirnya pada hari ketiga, medium tersebut dididihkan  sekali lagi. Dengan jalan demikian ini diperolehlah medium yang steril,  dan lagi pula, zat-zat organik yang terkandung di dalamnya tidak  mengalami banyak perubahan seperti halnya pada (a).
c.  Dengan autoklaf,  yaitu alat serupa tangki minyak yang dapat diisi dengan uap. Medium  yang akan disterilkan ditempatkan di dalam autoklaf ini selama 15 sampai  20 menit; hal ini bergantung kepada banyak sedikitnya barang yang perlu  disterilkan. Medium yang akan disterilkan itu lebih baik ditempatkan  dalam beberapa botol yang agak kecil daripada dikumpul dalam satu botol  yang agak kecil daripada dikumpul dalam satu botol yang besar. Setelah  pintu autoklaf ditutup rapat, barulah kran pada pipa uap dibuka, dan  temperatur akan terus menerus naik sampai 121o C. Biasanya  autoklaf sudah diatur demikian rupa, sehingga pada suhu tersebut,  tekanan ada sebesar 15 lbs (pounds) per inch persegi yang berarti 1  atmosfer per 1 cm2. Perhitungan waktu 15 atau 20 menit itu dimulai semenjak termometer pada autoklaf menunjuk 121oC.  Setelah cukup waktu, maka kran uap ditutup, dan dengan demikian akan  kita saksikan, bahwa suhu mulai turun sedikit demi sedikit, demikian  pula manometer. Autoklaf tidak boleh dibuka sekonyong-konyong. Jika  diperbuat demikian, maka isi botol yang ada di dalam autoklaf akan  meluap ke mana-mana. Baiklah kita menunggu sampai manometer menunjukkan  0, barulah autoklaf kita buka. Pendinginan dilakukan sedikit demi  sedikit. Jika medium mengandung vitamin, gelatin atau bangsa gula, maka  setelah sterilisasi sependek-pendeknya dalam autoklaf, medium tersebut  haruslah segera didinginkan sesudahnya dikeluarkan dari autoklaf.  Perbuatan ini perlu untuk menghindarkan terurainya zat-zat tersebut.  Medium yang sudah steril dapat disimpan dalam almari es. 

 
 
 
 
 
 
 
 
Gambar Prinsip suatu autoklaf. Di sini uap air diperoleh langsung dari air yang mendidih dalam periuk, tidak dari sumber lain lewat pipa yang ada krannya.
 
d.  Dengan penyaringan (filtrasi).  Medium disaring dengan saringan porselin atau dengan tanah diatom.  Dengan jalan ini, maka zat-zat organik tidak akan mengalami penguraian  sama sekali. Hanya sayang, virus tak dapat terpisah dengan penyaringan,  medium masih perlu dipanasi dalam autoklaf, meskipun tidak selama 15  menit dengan temperatur 121o C. Penyaringan dapat dilakukan  juga dengan saringan yang dibuat dari asbes. Saringan ini lebih murah  dan lebih mudah penggunaannya daripada saringan porselin. Saringan asbes  dapat dibuang setelah dipakai, sedangkan saringan porselin terlalu  mahal untuk dibuang, dan terlalu sulit untuk dibersihkan.
 
PENSTERILAN GELAS-GELAS
Gelas,  botol, pipa, pipet yang sudah bersih tidak disterilkan di dalam  autoklaf, karena barang-barang tersebut akan tetap basah sehabis  sterilisasi. Alat-alat dari gelas dimasukkan di dalam oven kering selama  2 – 3 jam pada temperatur 160o – 170o C; hal ini  bergantung kepada banyak sedikitnya muatan yang dimasukkan dalam oven.  Kapas masih dapat bertahan dalam oven kering selama waktu dan pada  temperatur seperti tersebut di atas. Alat-alat yang belum bersih dan  belum kering tidak boleh dimasukkan dalam oven kering.
          Pensterilan  alat-alat dapat pula dilakukan dengan gas etilen oksida. Hal ini harus  dikerjakan dengan hati-hati, karena ada bahaya letusan.
 
4.  PENANAMAN BAKTERI (INOKULASI)
Pekerjaan  memindahkan bakteri dari medium yang lama ke medium yang baru minta  banyak ketelitian. Terlebih dahulu harus diusahakan agar semua alat-alat  yang ada sangkut-paut dengan medium dan pekerjaan inokulasi itu  benar-benar steril; ini untuk menghindari kontaminasi, yaitu masuknya mikroorganisme yang tidak kita inginkan.
 
A.  MENYIAPKAN RUANGAN
Ruang  tempat inokulasi itu kecil, bersih, dan bebas angin. Dinding ruang yang  basah menyebabkan butir-butir debu menempel kepadanya. Pada waktu  mengadakan inokulasi, baik sekali jika meja tempat inokulasi itu  didasari dengan kain basah. Pekerjaan inokulasi dapat dilakukan juga di  dalam suatu kotak berkaca (ent-kas). Dalam laboratorium untuk membuat  vaksin, serum dan sebagainya, udara yang masuk ke dalam ruangan itu  dilewatkan saringan yang disinari dengan sinar ultra-ungu.
 
B.  PEMINDAHAN DENGAN KATA INOKULASI
Ujung kawan inokulasi sebaiknya dari platina atau dari nikrom;  ujung itu boleh lurus, boleh juga berupa kolongan yang berdiameter 1 – 3  mm. Lebih dahulu ujung kawat ini dipijarkan, sedang sisanya sampai  tangkai cukup dilewatkan nyala api saja. Setelah dingin kembali, ujung  kawat itu disentuhkan suatu koloni. Mulut tabung tempat pemiaraan itu  dipanasi juga setelah sumbatnya diambil. Setelah pengambilan inokulum (yaitu  sampel bakteri) selesai, mulut tabung dipanasi lagi kemudian disumbat  seperti semula. Ujung kawat yang membawakan inokulum tersebut digesekkan  pada medium baru atau pada suatu kaca benda, kalau tujuannya memang  akan membuat suatu sediaan.
 
C.  PEMINDAHAN DENGAN PIPET
Cara  ini dilakukan misalnya pada penyelidikan air minum atau pada  penyelidikan susu. Untuk itu diambillah 1 ml contoh untuk diencerkan  dengan 99 ml air murni yang steril. Kemudian diambil 1 ml dari enceran  ini untuk dicampur-adukkan dengan medium agar-agar yang masih dalam  keadaan cair (suhu antara 42 – 45oC). Lalu agar-agar yang  masih encer ini dituangkan di cawan Petri. Setelah agar-agar membeku,  maka cawan Petri yang berisi piaraan baru itu disimpan dalam tempat yang  aman, misalnya di dalam almari atau di dalam laci. Penyimpanan cawan  dilakukan dengan meletakannya secara terbalik, yaitu permukaan medium  menghadap ke bawah; ini untuk menghindari tetesnya air yang mungkin  melekat pada dinding dalam pada tutup cawan. Piaraan yang diperoleh  dengan jalan seperti disebut di atas ini terkenal sebagai piaraan adukan.  Dengan cara yang demikian ini bakteri yang diinokulasikan tadi dapat  menyebar luas ke seluruh medium. Bakteri yang aerob maupun yang anaerob  dapat tumbuh di situ, dan banyaknya koloni dapat dihitung dengan mudah.
          Pengenceran  1 ml sampel dengan 99 ml air murni itu tidak mutlak, hal ini tergantung  kepada keadaan air atau susu yang akan diselidiki.